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福州海关是全国42个直属海关之一，辖区范围包括福建省内的福州、莆田、三明、南平、宁德5地市以及平潭综合实验区，关区总面积6.5万平方公里，海岸线总长2278公里。关区主要口岸有福州港、莆田港、宁德港以及福州长乐国际机场、武夷山机场两个空港。福州海关现设有副厅局级内设机构1个、正处级内设机构12个，其他正处级内部工作机构3个，正处级隶属海关9个、派驻机构4个、事业单位2个。全关现有干部职工1178人，其中缉私警察193人。目前我关党组由11人组成，关党组书记、关长宇方成负责全面工作。福州海关主要特点是：一是历史悠久。清康熙二十三年（1685年）设立闽、粤、江、浙四海关，福州成为全国最早设立海关的口岸之一，至今已有300多年历史，1950年2月福州海关成立。二是区位独特。关区地处东南沿海与台湾海峡的重要节点，地处对台工作前沿，对台特色鲜明，海关履职敏感性强，职责作用和角色地位特殊。三是门类齐全。关区内沿海地区和内陆山区并存，设有保税港区、保税区、出口加工区等3个海关特殊监管区域、三明、武夷山2处陆地港，以及平潭综合实验区，海、陆、空、邮各类海关监管业务一应俱全，涵盖各类贸易业态，拥有福建特色的对台小额贸易、台湾小商品市场监管业务。四是广受关注。中央高度重视和支持福建加快发展，过去五年先后批准设立平潭综合实验区、中国（福建）自由贸易试验区、21世纪海上丝绸之路核心区、福州新区、福厦泉国家自主创新示范区、国家生态文明试验区，政策优势明显，开放型经济发展良好，多次接受国家领导人的视察，特别是习近平总书记2014年来闽视察工作时，亲临平潭海关监管现场，听取我关创新海关监管、助推平潭开放开发的情况汇报，亲切接见我关一线关员，并给予充分肯定。2017年，福州海关共监管进出口货物5995万吨，比增5.4%；进出口总值2154.9亿元，比增18.5%；进出境人员234.5万人次，比增4.3%；进出境运输工具2.7万架（艘），比增4.5%。十三届全国人大一次会议审议通过的《国务院机构改革方案》明确“原国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”，目前转隶组建正式完成，机构职能、组织机构相关信息待新“三定”方案后更新。
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