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根据《中共惠州市委、惠州市人民政府关于印发<惠州市人民政府机构改革方案>的通知》（惠市委发〔2009〕25号），设立惠州市海洋与渔业局，为市人民政府工作部门。其主要职责是：一、贯彻执行国家、省和市有关海洋与渔业工作的方针政策和法律法规，组织海洋战略研究，拟订并监督实施海洋事业、渔业的发展战略、政策和管理制度。二、综合管理、协调和指导海洋开发利用和保护，负责海岸带开发利用和保护的有关工作。三、承担海洋经济运行监测、评价及信息发布的责任，组织实施海洋与渔业经济和社会发展的统计、核算，提出优化海洋经济结构、调整产业布局的建议，组织开展海洋与渔业领域节能减排和应对气候变化的工作。四、承担规范管辖海域使用秩序的责任。监督管理国家、省授权的海域使用，承担海域使用项目审核和海域使用权属管理及海上人工构筑特管理，组织海域界线、海岸线勘定和管理，监督管理海底电缆管道铺设、海上人工构筑物设置，负责涉海工程项目的有关工作。五、承担海岛生态保护和无居民海岛合法使用管理的责任。拟订海岛保护与开发规划、政策并监督实施，组织实施无居民海岛的使用管理。六、承担海洋环境保护和修复的责任。组织海洋资源环境调查、监测、监视、评价和信息发布，组织实施重点海域排污总量控制制度，监督海洋倾废、陆源污染物排海，负责海洋与渔业水域生态环境保护、水生生物资源保护，监督管理海洋、渔业自然保护区和特别保护区，负责保护修复典型性、代表性海洋生态系统，管理国家、省分工的海洋自然资源。七、承担海洋环境观测预报、海洋灾害预警预报和渔业防灾减灾的责任，负责海洋与渔业突发公共事件应急工作。八、组织落实渔业和渔区发展政策措施，指导渔业产业结构调整、产品品质改善、渔业产业化和可持续发展，组织开展水生生物疫病防控工作，实施符合安全标准的水产品认证，负责初级水产品生产环节质量安全监管，发布水产品质量安全信息，组织指导渔业基础设施建设。九、负责渔业许可和渔港、渔船、渔具渔法和渔业电信的监督管理，组织实施伏季休渔制度。十、组织实施“科技兴海”、“科技兴渔”战略，组织海洋与渔业科学技术研究和应用推广，组织实施海水利用和海洋可再生能源研发应用，承担海洋与渔业科技创新体系和数字海洋建设。十一、组织开展海洋与渔业方面的对外交流与合作。十二、承担海洋监察、渔政管理、渔港监督和渔业船舶监督、检验的责任。负责辖区内的巡航监视、监督管理，查处违法活动，维护国家海洋与渔业权益，管理市海洋与渔业执法队伍。十三、承办市人民政府和省海洋与渔业局交办的其他事项。
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