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财政部农业司（国务院农村综合改革办公室）主要任务是：参与农业农村发展与改革重大政策研究以及相关规划编制；研究拟定财政支持农业农村发展与改革政策，负责推进相关政策落实；承担国务院农村综合改革工作小组日常工作，推进落实农村综合改革相关任务；制订财政支农和农村综合改革资金管理办法，管理和分配相关资金，统筹安排财政专项扶贫资金；指导和审核所联系部门（单位）预算编制、执行、决算、公开等工作；承担财政部涉农资金整合协调机制的统筹协调组织工作；加强财政支农资金监督管理。其职责如下：（一）参与农业农村发展与改革重大政策的研究。参与相关行业发展规划和政策制度的研究制订工作。参与研究制订水资源保护、林业生态保护等财政政策。整理分析农业农村发展形势及重大改革进展情况。（二）拟订财政支农政策，并协调与此有关的具体事宜。（三）研究制订农村综合改革有关发展规划和相关政策措施；参与有关农村改革发展政策研究；负责指导地方农村综合改革和农村基层财政工作；研究完善农村公益事业和公共服务体系建设、统筹城乡发展的体制机制，开展相关试点工作；参与农民负担监督管理工作；承担国务院农村综合改革工作小组日常工作等。（四）管理和分配农业、林业、水利、移民、气象、农村综合改革等有关财政支农转移支付和政府性基金，拟（修）订资金管理制度和办法，管理监督资金使用情况。（五）参与管理和分配财政专项扶贫资金拟（修）订资金管理制度和办法，管理监督资金使用情况；负责财政扶贫政策研究和投入统计分析工作。（六）组织编制财政支农中长期规划和三年滚动规划。（七）指导所联系部门（单位）编制部门预算，配合预算司审核部门预算；协助所联系部门（单位）建立财政支持的项目库；监督和分析所联系部门（单位）的预算执行情况；指导所联系部门（单位）预算公开和预算绩效管理工作，组织开展重点评价和再评价；监督所联系部门（单位）预算资金的管理和使用；审核和批复所联系部门（单位）的年度决算。（八）参与WTO农业谈判，拟订国内支持情况通报；推动完善农垦管理体制机制；负责农口企业财务管理，核拨有关政策性补贴。（九）承担财政部涉农资金整合协调机制的统筹协调组织工作。（十）协调现代种业发展、贫困地区产业发展、中国海外农业投资开发等基金的运营、管理有关事宜。指导全国农业信贷担保体系建设，负责国家农业信贷担保联盟有限责任公司的指导和监督工作。（十一）办理部领导交办的其他事项。
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