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国家发展和改革委员会农村经济司的主要职责是：（一）研究保障国家粮食安全和主要农产品有效供给、统筹城乡经济发展、增加农民收入、优化农业生产力布局、促进农业可持续发展等重大问题，协调农业和农村经济社会发展的重大问题，提出农业和农村经济发展战略及政策建议。（二）组织拟订农业和农村经济社会发展规划和重要农产品等年度计划；衔接平衡农业（包括畜牧业、渔业）、林业、水利、气象、生态及有关农村基础设施等发展规划、年度计划和政策。（三）组织拟订农业、水利、林业、气象及有关农村基础设施项目投资计划，提出农口重大项目布局建议并协调实施，审核农口重大项目；监督检查投资计划执行和项目实施情况。（四）研究农村经济体制改革重大问题并提出建议，参与研究农业、林业、水利、气象等行业管理体制改革；研究提出农业投融资体制、工程建设与管理体制及运行体制改革意见。（五）组织编制生态保护与建设规划和年度计划，组织实施生态建设重大项目；承办全国生态环境建设部际联席会议办公室的日常工作；衔接平衡退耕还林、退牧还草规划并安排年度投资计划。（六）监测、分析农业和农村经济发展形势，加强相关趋势研判，跟踪研究趋势性重大问题，提出政策建议。（七）研究大中型水利水电工程移民重大问题，提出政策建议；会同有关单位负责全国水库移民后期扶持政策部际联席会议的相关工作。（八）负责全国防治高致病性禽流感指挥部保障组的日常工作。（九）承办委领导交办的其他事项。
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