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菏泽市疾病预防控制中心成立于2003年，是在卫生局领导下的全额事业单位，承担了原市卫生防疫站在疾病预防控制和卫生监测检验等方面的工作。现有在职职工115人，其中专业人员111人，具有高级职称者36人，中级职称53人，初级22人；设有办公室、人事科、生物制品科、公共卫生科、计划免疫科、传染病防治科、消杀监测科、性病艾滋病防治科、结核病防治科、慢病科、应急办、门诊部、检验科、健康教育等14个业务和职能科室，其主要职责为：㈠ 完成国家、省下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展本地疾病暴发调查处理和报告；负责辖区内预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作;㈡ 调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施;㈢ 开展常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定;㈣ 开展疾病监测和食品卫生、职业卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理辖区疫情及相关公共卫生信息;㈤ 承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务;㈥ 组织开展健康教育与健康促进;㈦ 负责对下级疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导辖区内医疗卫生机构传染病防治工作。近年来，菏泽市疾病预防控制工作以党的十六大精神为指导，按照'三个代表'重要思想要求，制定措施，强化管理，认真贯彻落实各级政府下达的疾病预防控制任务，主动适应疾病预防控制体制改革的新形势，坚持预防为主的卫生工作方针，全面加强了以非典、霍乱、艾滋病、病毒性肝炎、肺结核等重点传染病防治工作，保证了全市重点传染病不发生流行的总体目标。由于工作突出，近年来先后荣获'山东省疾病控制工作先进集体'、'山东省艾滋病防治先进集体'、'全省麻疹监测工作先进集体'、'全省卫生监测检验先进集体' “全省结核病防治先进集体”、“全省质量技术监督满意实验室”荣誉称号，并有50余人次获国家、省、市先进个人奖励。菏泽市疾控中心综合检验楼是全国重点疾控机构建设项目，2004年11月正式开工建设，2006年7月投入使用，疾控中心的办公、检验检测条件得到很大改善，综合服务能力进一步提高，并以此为契机，进一步完善了服务体系，设立健康监测咨询、慢病防治、职业危害和重点传染病检测防治为一体的预防医学门诊（查体中心），为群众提供健康咨询、疾病预防和控制全方位的服务。
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